設置過濾器監(jiān)測和檢測系統(tǒng)，保障過濾效果，對于生物安全型蒸汽滅菌器來說，過濾器一旦失效可能帶來重大的安全事故，因此，監(jiān)測和測試過濾器的有效性是生物安全型蒸汽滅菌器保障滅菌效果和防止污染的一個重要部分。生物安全型蒸汽滅菌器設置了過濾器自動滅菌系統(tǒng)，可定期對過濾器進行在線滅菌，以保障過濾器的過濾效果。在線滅菌是系統(tǒng)自動將飽和蒸汽通到過濾器中進行滅菌處理和滅菌后的干燥處理，一般設有專門的閥門、測溫探頭和在線滅菌程序。過濾器完整性也是保障過濾效果的一個重要方面，一些生物安全型蒸汽滅菌器還設置了專門的過濾器完整性測試儀，供用戶在過濾器滅菌后使用前對過濾器的完整性進行檢測。
    此外，生物安全型蒸汽滅菌器還設置了各類警報控制系統(tǒng)，包括壓力過高報警功能、溫度過高報警功能、應急手動處理系統(tǒng)等。